Sur le mur occidental de la nef se trouve la Navicella. Il s'agit d'une représentation tirée de l’évangile de St Matthieu. Les apôtres se trouvent dans un bateau sur le lac de Tibériade, lorsqu'ils voient le Christ s'approcher d'eux en marchant sur les eaux.
On appelle cette scène la Navicella en référence à la mosaïque de Giotto qui prenait place dans l'atrium de Saint Pierre de Rome. La Navicella strasbourgeoise pourrait être l'une des plus anciennes copies de cette Navicella. La principale source d'inspiration de Schäfer pour la restauration de cette fresque est le Codex Manesse, qui est un des plus grands manuscrits enluminés d'origine germanique.
Si la peinture que nous voyons aujourd'hui est totalement néo-gothique, une Navicella a bel et bien existé à Strasbourg, sans doute dès le début du 14ème siècle.
Située en hauteur, cette peinture est nettement mieux conservée que celles des bas-côtés qui souffrent beaucoup de l'humidité, puisqu'on a pu constater des remontées capillaires très importantes. Nous avons donc un moment très important de la peinture murale de Saint Pierre Le Jeune.
