L'histoire de Saint Pierre le Jeune est marquée par de nombreuses étapes. Initialement fondée extra-muros aux VII-VIIIème siècle, cette église romane se pare du style gothique aux XIIIème siècle.
L'édifice connaît ensuite un certain nombre de transformations, dues à sa transformation en église protestante suite à la réforme et à la prise de Strasbourg par Louis XIV. Le simultaneum (l'usage de l'église pour les deux cultes, catholique et protestant) est alors en vigueur et se prolongera jusqu'à la fin du XIXème siècle.
La restauration de Saint Pierre le Jeune est confiée à Carl Schäfer, dont l'intervention marque l'histoire de l'édifice. Il repeint notamment l'extérieur de l'église en s'inspirant des traces de polychromie extérieure. Mais cette polychromie disparaît dans les années 1960, durant lesquelles l'église est repeinte dans une couleur qui n'est pas sans évoquer le grès rose des Vosges.
